Neben dem Transfer via Minibus und Fähre gibt es ab Mai 2007 die Möglichkeit, mit einem Wasserflugzeug vom Grand Harbour auf Malta zum Hafen in Mgarr auf Gozo zu fliegen. Zum Einsatz kommt eine DeHavilland Single Otter-Maschine, die von einem maltesisch-kanadischen Unternehmen betrieben wird. Das Wasserflugzeug kann 14 Passagiere befördern und pendelt bis zu 13 Mal am Tag zwischen Malta und Gozo. Der Preis für ein Flugticket kostet rund 25 EUR (one way).